Wikimedia Commons alberga una categoría multimedia sobre Club de Fútbol Rayo Majadahonda. El trofeo, según las bases, pasaría a ser propiedad del club que se proclamase campeón tres años consecutivos o cinco alternos. Alcalá. Durante lo que restaba de dicha temporada y en la temporada 1994-95, el equipo franjirrojo se trasladó a la vecina localidad de Las Rozas para disputar sus encuentros en el Campo Municipal Dehesa de Navalcarbón mientras tenían lugar las obras. El defensa no vio su primera y única tarjeta amarilla de la temporada (en el primer equipo) hasta su partido número 15, lo cual se valoró muy positivamente, y más teniendo en cuenta que jugaba en una de las posiciones más propensas a recibir sanciones arbitrales. Tras esta temporada casi en blanco fue de nuevo cedido al Villarreal, esta vez en la primera temporada del equipo amarillo en la Primera División (1998-99), hecho que aprovechó para coger experiencia definitivamente en la máxima categoría del fútbol español. Desde entonces cosechó una serie de resultados positivos que elevaron su clasificación en la tabla, aun así el equipo fue perdiendo fuelle en liga hasta ocupar posiciones de la zona media, aunque con un buen colchón de puntos sobre el descenso.
La Liga comenzó muy mal para el Athletic obteniendo solo 2 puntos de 15, sin embargo, la fase de grupos de la Europa League comenzó extradinariamente ganando al Slovan de Bratislava y a uno de los favoritos de la competición, el PSG. Sevilla FC y Atlético de Madrid fueron los rivales directos del Athletic en la lucha por Europa, quedando empatados los tres a 58 puntos. Fue intervenido el día 28 del mismo mes. Todos los juegos de cada fase se disputaban el mismo día a la misma hora, en sedes diferentes. La segunda fase de las obras tuvo un coste de 10,8 millones de euros destinados a la construcción del tercer anillo del graderío, el cerramiento perimetral de las gradas y la finalización de la cubierta y fachadas. El partido estuvo marcado por los incidentes cometidos por parte de las dos aficiones, los aficionados belgas provocaron a los del Athletic, profiriendo gritos fascistas y rompiendo asientos, algunos aficionados del Athletic respondieron a las provocaciones y al final del partido se montó una batalla campal en el campo entre las dos aficiones, que duro varios minutos hasta que fue disuelta por el Ertzaintza. Los azulgrana superaron la primera fase del torneo en segunda posición, pero en la segunda terminaron en último lugar, por lo que no pudieron optar al playoff final por el título.
La Temporada siguiente vuelve a jugar la Copa de la RFAF cayendo en la Primera Ronda. El inicio de la temporada trajo una nueva promesa al equipo: Jon Aurtenetxe. Su sucesor en el banquillo fue el argentino Marcelo Bielsa, reconocido técnico de prestigio, que rechazó una oferta del Inter de Milán para recalar en el conjunto bilbaíno, por no faltar a su palabra con Urrutia. En cuartos de final se encontraba con el Mallorca de Joaquín Caparrós, antiguo técnico de los leones. En cuanto a la Copa del Rey, tras eliminar al A. D. Alcorcón en dieciseisavos, el Athletic disputó los octavos de final contra el F. C. Barcelona. En la vuelta de dieciseisavos, el Athletic cayó de la forma más cruel, cayendo goleado por 4-0 y linchado berbalmente por los aficionados belgas, que durante todo el partido humillaron e insultaron a los jugadores vascos con cánticos fascistas. A pesar del ímpetu de los jugadores y del apoyo de la afición, que no paró de animar en todo el partido, el Athletic terminó cayendo eliminado.
El partido de vuelta disputado en San Mamés, concluyó con victoria para «los leones» por 2-1. Además, este choque supuso el debut del portero suplente proveniente de la cantera, Raúl Fernández, camiseta barça 2024 que realizó una buena actuación. Aun así, el barça no fue capaz de ganar al Athletic en ninguno de los dos partidos; de hecho, pasó serios apuros en este último, a pesar de que se adelantó en el marcador con un gol de Abidal, Llorente empató el partido poco antes del final. «Los leones» siguieron intentándolo hasta el final, pues un gol les daba el pase a cuartos, pero el esfuerzo resultó en vano. Los 16avos de la Europa League se disputaron frente al Anderlecht belga, en el primer partido se empató a uno, con el gol de Mikel San José. Asllani anotó un tanto que hubiera sido el primero de la sección y el momentáneo empate a uno, pero fue anulado por la colegiada por una presunta falta sobre la guardameta rival.