En noviembre de 1909 se constituye el Colegio de Árbitros dependiendo de la Asociación de Clubes de Fútbol. El 27 de noviembre de 2002 se jugó el partido de ida en el Estadio Atanasio Girardot lleno de espectadores. Luego en cuartos de final, el verdolaga se volvió a encontrar con Millonarios F. C. y volvió a tomar revancha tras la primera ronda (igual que en la Copa de 1989), derrotándolo por 2-1 en el Estadio Atanasio Girardot. No participó en la Copa Libertadores de 1994. Disputó una vez más la Supercopa, en donde Nacional quedó eliminado en la primera fase, nuevamente a manos del São Paulo F. C. brasilero, cayendo 0-2 en el Atanasio Girardot y un empate a un gol en el «Morumbí». Con el cambio de milenio el equipo dependiente colchonero se proclama Campeón de Liga en la temporada 00/01 entrenados por Carlos García Cantarero, y pese a haber quedado la primera plantilla cuarta en Segunda División A, el dependiente rojiblanco disputa la Promoción de forma insólita siendo segundo en un triple empate en el que asciende el Club Polideportivo Ejido y les iguala el C.D. En el partido de vuelta jugado en El Campín, terminó con empate a un gol y nuevamente venció a los azules en los cuartos de final del certamen continental.
Cuenta con el aliciente de un premio económico para los cuatro equipos clasificados para la fase final y los finalistas serán propuestos para disputar la Copa Real Federación Española de Fútbol. En la Copa Merconorte fue eliminado en la primera ronda. Sin embargo, durante las primeras etapas de la clasificación para la Copa del Mundo Brasil 2014, Canadá encabezó su grupo en la segunda ronda, pero fue eliminada en la tercera ronda de clasificación, terminando un punto detrás de Honduras y Panamá después de recibir en la última jornada un abultado 8-1 de los catrachos en San Pedro Sula. Copa Argentina 2011-12 Atlético de la Juventud Alianza Segunda Ronda 1 0 1 0 0 0 0 Eliminado ante Unión. En 2002 la Conmebol unificó las copas Merconorte y Mercosur para crear la Copa Sudamericana. Se jugó por primera vez en 1998 y fue el reemplazo de la Copa Conmebol, aunque partida en dos: Merconorte y Mercosur.
En este año Nacional se coronó nuevamente como campeón de la Copa Merconorte, esta vez contra uno de sus rivales, Millonarios F. C. de Bogotá. En el primer partido, realizado el 16 de septiembre, ganó como visitante 2-0 a The Strongest. En el primer partido, Nacional y Necaxa empataron 0-0 en Medellín. En el siguiente partido, Nacional le ganó a Alianza Lima en Lima por un marcador de 3-2. En su tercer partido, con un marcador de 2-0, Nacional le ganó a la Liga Deportiva Alajuelense como local. Liga Deportiva Alajuelense de Costa Rica, Necaxa de México, y Alianza Lima del Perú, eran los otros integrantes del grupo en el que se encontraba el Atlético Nacional. El 22 del mismo mes, ganó como local 3-1 frente a Alianza Lima. Nacional había quedado en el grupo con Alianza Lima de Perú, Barcelona Sporting Club de Ecuador y The Strongest de Bolivia. Y en su último partido de la primera fase, goleó 4-0 como local al Barcelona Sporting Club.
Para empezar el torneo asumió como técnico el estratega argentino Reinaldo Merlo a pesar de la resistencia de la prensa y de la afición. Aunque el equipo tuvo buenos resultados, el técnico argentino fue destituido al caer en la segunda fecha del Clausura ante Millonarios F. C., siendo reemplazado por Luis Fernando Suárez. En julio de 1965 el Port Vale Football Club -rival local del Stoke City- de la Cuarta División contrató a Matthews para que ejerciese la dirección deportiva. Atlético Nacional comenzó el siglo XXI participando en la Copa Libertadores 2000 donde el club colombiano finalizó último del Grupo 4 detrás de River Plate, camisetas de fútbol Atlas de Guadalajara y Universidad de Chile. Llegó el año 1995 y Nacional volvía a la Copa Libertadores, tras un año de ausencia. Fue inaugurado el año 1962, Se encuentra ubicado a 3259 m s. Un año gris para el equipo. En caso de rivales de la misma categoría, el campo quedó decidido por el orden de extracción de las bolas, siendo en caso contrario por elección inicial en el campo del equipo de categoría inferior. A pesar de haber mantenido la categoría en 2022, para 2023 Alianza Petrolera iniciaba en el puesto 18 de la tabla del descenso, por lo que el conjunto ‘aurinegro’ debía seguir sumando puntos en el promedio.