Para 1958-59 León de nuevo aumentó su nivel para quedar a dos puntos de ganar su quinto título, se quedó cerca cuando a cuatro fechas de terminar goleó 4-0 a Guadalajara para recortarle la diferencia a 3 puntos (en ese entonces, el cuadro guanajuatense tenía 28 unidades por 31 de los tapatíos), sin embargo Chivas ganó 3 y un empate para llegar a 38 puntos; León por su parte llegó a 36 unidades. En ese momento el equipo llegaba a 32 puntos mismos que tenía el Necaxa pero superando a este por mejor diferencia de goles, al día siguiente el domingo 17 de mayo el Necaxa enfrenta a la UdeG en el estadio Jalisco, el equipo electricista necesitaba un punto para librar el descenso, el juego lo ganaba la UdeG con gol de Víctor Rodríguez y así terminó el primer tiempo la afición leonesa albergaba esperanzas de la salvación pero a los 10 minutos del segundo tiempos José Luis «Pareja» López anotaba el empate que significó el primer descenso del club en su historia rompiendo 43 años de permanecer en primera división.
El 16 de mayo de 1987 el León disputaría su último juego en primera división de aquella etapa enfrentando a los Tigres de la UANL ganando por 2-0 con goles de Alberto «Tito» Echeverry y Jesús «Pitufo» Mendizábal. El campeonato de Primera División es uno de los mejores del mundo de acuerdo con la Federación Internacional de Historia y Estadística de Fútbol. ↑ España, Madrid,. «Horarios de la jornada 7 de LaLiga Santander 2018/19». Liga de Fútbol Profesional. La Liga Santander ahora es LaLiga EA Sports. ↑ Agency, Ezlon. «EA Sports llegó a un acuerdo millonario con LaLiga por los “title rights”». ↑ «Oficial: Francisco Rodríguez, nuevo entrenador del Rayo». 1974-75 Jorge Davino es traspasado a los Cachorros del Potosino, mientras se contrató a Daniel Mantegazza y a Osvaldo Batocletti, para esta campaña inicia de entrenador Sergio Anaya, y luego fue relevado por el uruguayo Washington Etchamendi que llevó al equipo a repuntar para conseguir el quinto liderato general producto de 21 triunfos, 9 empates, 8 derrotas, 70 goles a favor por 50 en contra con 51 puntos, el goleador leonés fue Salomone con 19 tantos.
1969-70 quedó exactamente igual en puntos y lugar que la temporada pasada, los jugadores Luis Estrada y Sergio Anaya destacan con 11 goles cada uno, esta campaña fue dirigido por Antonio Carbajal. 1970-71 llegan jugadores como Jorge Davino, Roberto Salomone y Juan José Valiente que marcó 10 goles, el club fue dirigido por Antonio Carbajal realizan una temporada buena de 38 puntos ubicándose en cuarto lugar, luego se adjudicó el título de copa México y campeón de campeones al derrotar al América 1-0. 1971-72 realiza un torneo regular de 35 puntos con el lugar sexto general y de nueva cuenta gana la copa México y el campeón de campeones al derrotar a Cruz Azul en penales 5-3, durante la primera vuelta Luis Estrada recibió dos impactos de bala que lo dejaron fuera todo el año. 1984-85 este fue el último equipo exitoso antes de su descenso cuando Arpad Fekete dirige todo el torneo ubicando a los esmeraldas en octavo lugar con 42 puntos, producto de 12 triunfos, 18 empates y 8 derrotas, califica a liguilla después de 9 años enfrenta en cuartos de final a U de G y gana el de ida 1-0 con gol de Cabinho, en la vuelta pierde 2-1 el gol fue de Cabinho, León define la serie en penales 7-6, así llega a semifinal contra el Club Universidad Nacional el de ida fue un 3-3, goles de León, Juan Pablo Muciño, Carlos Eusebio y Cabinho, camiseta joaquin betis en la vuelta cae 2-0 en el olímpico 68. Evanivaldo Castro consiguió el título de goleo individual con 23 goles.
En este plantel había jugadores como el portero Jorge Jaramillo, los defensas, Arturo Razo, Guillermo García, Rafael Albrecht, Carlos Gómez, los medios, Luis Estrada, Mario Cuevas, Mario Ayala, Rafael Chávez Rodríguez, y los delanteros Roberto Salomone, José de Jesús Valdez, Juan José Valiente, y Jorge Davino. Los destacados fueron Rubén Omar Romano con 13 goles y Juan Carlos Roldán con 9 anotaciones. 1982-83 inicia el entrenador Juan Ricardo Facio, pero al llevar 0 ganados 3 empates y 6 derrotas es cesado por Sergio Anaya por 2 cotejos donde sale con un punto, antes de la jornada 11 llega por cuarta vez al relevo Gomes Nogueira que por fin consigue el triunfo en la jornada 12 cuando derrotan los leoneses 3-2 a Tigres de visitantes, camiseta azul betis los goles son obra de Zizinho 2 y Rubén Omar Romano. Para la temporada 1953-54 llegó el primer mal torneo al terminar en lugar 8 con 21 puntos, el mejor anotador fue Juan José Olivero.