Finalmente, la presión de gobernación, periodismo deportivo y aficionados obligó al dueño en ese entonces, Luis Fernando Yepes a vender el equipo a la familia Cadena Mora. Luego de semanas de negociaciones y consultas la Dimayor definió a Ocaña como sede del equipo pero una semana antes del primer partido que debería jugarse en esa ciudad, el comité de desastres de Bucaramanga reconsideró la decisión tras intensa presión de los aficionados, el patrocindaor Freskaleche y la prensa deportiva local permitiendo que los partidos se disputaran con un máximo de mil aficionados para cumplir con la orden de no realizar «eventos con asistencia masiva de público» que fue lo que se determinó en la Acción Popular. Este apelativo fue otorgado por la prensa deportiva en los años ’50 y ’60, debido a que considera a las dos instituciones representantes de provincias campesinas por excelencia, que además eran por esos años, las primeras y únicas escuadras sureñas que competían en la división de honor del fútbol chileno, hasta la llegada de Huachipato en 1967. Fue una de las primeras rivalidades del fútbol nacional de carácter provincial y fuera de los ejes competitivos como han sido Santiago, Valparaíso o Concepción.
Esta división cuenta con distintos diseños de prendas y calzados de reconocidos diseñadores, como Stella McCartney, Jeremy Scott o Mariale Scott, y otros diseños exclusivos, como los que realiza para la marca automovilística Porsche. Esta época, es la más complicada en la historia del Club por la permanencia prolongada en la Primera B y la ausencia de resultados deportivos de notoriedad incluso en esta división que aseguran la permanencia del Atlético Bucaramanga en esta categoría, al menos hasta diciembre de 2012; por lo que en reiteradas ocasiones la comunidad deportiva de Santander, le ha solicitado al presidente del equipo que no continue al frente de la Institución. El 20 de diciembre de 2018 firmó contrato con los Washington Wizards. The Washington Post (en inglés). Retat y en su reemplazo se nombró a Víctor Luna. Para el segundo semestre había salido Miguel Augusto Prince y su reemplazo fue la dupla Upegui-Reyes que obtuvo resultados desastrosos en las primeras cuatro fechas del torneo; por lo que posteriormente llegó Eduardo Retat quien intentó pelear nuevamente por no descender y pudo evitar jugar el partido de Serie de Promoción, al conseguir una victoria en su último partido de la temporada dejando al Deportivo Pereira ese puesto.
Este periodo se destaca por la escasa promoción de las divisiones inferiores del club, pues pocos santandereanos debutaron con el equipo y las plantillas se conformaron principalmente con jugadores nacidos en otras regiones. El 6.º puesto final supo a poco después de las 4 medallas consecutivas que el equipo había acumulado en los anteriores años. Con la excepción del campeonato conseguido en 1977 (y la temporada siguiente) los primeros años de la década de los 90 son por lo general recordados como la mejor era de la historia del club. Entre los extranjeros más destacados de esta década se encuentran: Héctor Walter Burguez, Leonel Rocco, Ruberth Morán, Carlos Alberto Escouto, Marcos Cardoso «Marquinho», Juan Manuel Zandoná, Diego Martín Bonilla, Luis Barbat, Jorge Daniel Casanova, Mariano Carlos Caporale, entre otros. En esta década se recuerdan jugadores nacionales y extranjeros de renombre que vistieron la camiseta leoparda, junto a una generación excepcional de jugadores santandereanos entre quienes se cuentan Jhon Fredy Van Stralhem, Oscar Upegui, Eugenio Uribe, Ricardo García, Elías Correa, Luis Gabriel Rey, Dúmar Rueda y Robert Villamizar. El técnico de ese equipo fue Carlos Mario Hoyos, mientras que en la nómina no había figuras, incluso había algunos jugadores que venían de la Primera B. Algunos jugadores que hicieron parte de esta importante campaña fueron: José Fernando “Chepe” Castañeda, Gustavo “Misil” Restrepo, Miguel Montañez, Manuel Galarcio, Pablo Casquete, Luis Alfonso “Cheo” Romero, Jhon Alex Rodríguez, Lucio España; Arturo Reyes, Diego Pizarro, Wilmar Moreno, Fredy Guirán, Armando “Piripi” Osma, Marcelo Enrique Ibáñez, y Orlando Ballesteros, entre otros.
Para evitarlo, sus grandes rivales en el Oeste volverán a ser los Houston Rockets , el equipo que la pasada campaña estuvo a un triunfo de haber llegado a las Finales de la NBA, y sólo la lesión del base Chris Paul lo impidió. El campeonato 2009 de la Primera B se jugó en dos fases, en el primer semestre del año el Atlético Bucaramanga realizó una gran temporada ganando una gran cantidad de partidos en el Estadio Alfonso López y en otras plazas terminando en el primer lugar al final de la fase de nonagonales con 41 puntos en 18 partidos, correspondiéndole enfrentar en las finales a Deportivo Rionegro, Cortuluá, y Deportes Palmira con resultados desastrosos. Por Atlético Bucaramanga patearon Hernán Andrés Sarmiento, quien erró y convirtieron Wilson Nuñez, Néstor Cuadros, Andrés Estrada y Leonel Rocco, héroe esa tarde porque también atajo el primero y el cuarto cobro del Cúcuta Deportivo, situación esta última que fue protestada por los jugadores del Cúcuta Deportivo porque al parecer Rocco se adelantó en el cobro del jugador Gerson Vallejo, pero el árbitro Jorge Hernan Hoyos validó la acción. Deportivo Pasto, Bogotá F. C. y Patriotas Boyacá y hubo un escándalo por presunto soborno en el que se vieron implicados el técnico Barrios y los jugadores Daniel Murillo y Fernando Batiste quienes fueron sancionados por la Dimayor.