En la final del certamen le tocó enfrentarse al Goiás, que se encontraba en una situación parecida; jugó la final habiendo descendido a la Serie B brasileña, algo inédito en la historia del fútbol sudamericano. En ese contexto, Independiente necesitó realizar prácticamente una campaña de campeón para escaparse del descenso, y se coronó campeón del Torneo Apertura 2002 luego de haber pelado durante todo el certamen con Boca. Su último partido al frente de Independiente fue en la victoria por 2-1 ante Nueva Chicago por el Torneo Clausura en Avellaneda. De allí en más comenzó a atravesar malas y regulares campañas en los torneos de Primera División, destacándose únicamente un subcampeonato en el Torneo Clausura 2000 y el campeonato del Torneo Apertura 2002, el último campeonato de liga ganado por Independiente hoy en día. En 2010 el equipo realizó un buen Torneo Clausura 2010 con chances de haber sido campeón, pero se estancó a mediados del torneo y el campeón fue Argentinos Juniors.
Rambert culminó el torneo como goleador. Andrés Silvera fue el goleador del torneo, metiendo muchos goles claves para los Diablos Rojos. Fue con la aparición de Sebastián Penco y goles importantes de parte suya que Independiente se renovó y alcanzó el cuarto lugar del campeonato. Tercer lugar del Campeonato Sub-19 de la AFC (2): 2008 (compartido con Corea del Sur) y 2012 (compartido con Uzbekistán). Golborne viajó a Chile la tarde del viernes 6 y se trasladó al lugar del desastre la mañana del sábado 7 de agosto. Convertido para muchos en el máximo ídolo de la historia del club, jugó los 19 años de su carrera profesional en Independiente, desde 1972 hasta 1991, ganando 8 títulos internacionales y 4 campeonatos argentinos. El equipo que más veces ha ganado la liga tayika es el FC Istiklol de Dusambé, con doce títulos. El Rojo debutó en el torneo de la Primera B Nacional 2013-14 con una derrota por 1-2 en su propia cancha ante Brown de Adrogué, equipo recién ascendido desde tercera división. Durante 2011 quedó eliminado muy tempranamente de la Copa Libertadores 2011 y la Copa Sudamericana 2011, y perdió las finales de la Copa Suruga Bank 2011 y la Recopa Sudamericana 2011. En el torneo local no logró escaparle al descenso, comenzando el 2012 comprometido con el mismo.
En octavos de final se enfrentó a un Atlético Tucumán que venció al Rojo en el norte argentino por 1-0, resultado que en el Estadio Libertadores remontó por 2-0. Con el correr del segundo tiempo estuvo al borde de la eliminación cuando el árbitro sancionó un penal ilegítimo para el Decano, que Martín Campaña se encargó de atajarlo. En su segundo partido ganaría ante Inglaterra 2 a 1 con un doblete de Luis Suárez en un muy intenso partido táctico, y con el dato de que venceria a un europeo luego del mundial de 1970, y a un campeón del mundo desde que venció a la misma selección inglesa por 4 a 2, en 1954. Para la última fecha del grupo enfrentó a Italia que llegaba con la misma cantidad de puntos pero con mayor diferencia de goles; finalmente triunfaría 1 a 0 con gol de Diego Godín al minuto 79′ y clasificaría a octavos. Independiente dio la sorpresa y ganó con un gol de Juan José Serrizuela tras un centro buscapiés de Claudio Arzeno en el inicio del segundo tiempo, donde nada pudo hacer el arquero José Luis Chilavert. Tiempo después se realizó la venta de Oscar Ustari al Getafe en aproximadamente 10 millones de dólares, siendo la venta más grande de un arquero del fútbol argentino, y en 2008 fue transferido Germán Denis al Nápoli por 7 millones de euros.
El difícil River Plate de Enzo Francescoli comenzó triunfando 0-2 en Avellaneda pero el Rojo alcanzó el empate con goles de Javier Mazzoni, y luego se dio el lujo de eliminar a River en el Estadio Monumental en la definición por penales, donde relució el arquero Faryd Mondragón, que ya había tapado un penal en octavos contra Santos. Ya fuera de la siguiente ronda de la competición, de nada le sirvió el empate a cero que cosechó frente a los ingleses. Los seis últimos clasificados descendieron directamente a Regional Preferente de Aragón, camiseta de futbol mientras que los cuatro primeros participarán en Tercera División RFEF. El propio Milito se hizo cargo de la dirección técnica del club en 2016, permaneciendo en el cargo sólo seis meses pero sentando las bases de un equipo en formación. En 2016, ante la ausencia de Lionel Messi, el defensor diablo Víctor Cuesta fue simultáneamente capitán de Independiente y de la Selección Argentina. Se trató de la Copa Sudamericana 2010, donde Independiente eliminó a Argentinos en primera fase, a Defensor Sporting en octavos de final, y al Deportes Tolima en cuartos a través con la regla del gol de visitante.