En la temporada 1946/47, jugó cedido por el Valencia CF en la Gimnástica de Burgos uno de los mejores futbolistas españoles, Bernardino Pérez Elizarán «Pasieguito», camisetas de futbol baratas 2024 que incluso llegó a ser internacional con la selección absoluta de fútbol de España. Con Sáez como nuevo seleccionador nacional, España logró clasificarse para la Eurocopa de 2004 de Portugal tras jugar en el Grupo 6 junto a la selección griega, la selección ucraniana, la selección armenia y la selección norirlandesa. En la semifinal, los polacos se enfrentaron a una selección que ya habían confrontado: Italia. Los compañeros de equipo realizan corridas más inteligente en los espacios y el control ha sido perfeccionado para asegurarse de que los pases sean rápidos y fluidos y ataques rápidos puedan ser construidos. Carlos Terrazas retorna al banquillo burgalés y se consigue hacer un equipo competitivo en pocos días. Es en la temporada 2000/01 y con Carlos Terrazas en el banquillo, el equipo consigue ascender a la Segunda División. La temporada 1997/98 en Segunda División B fue una dura temporada en la que se consiguió la salvación en las últimas jornadas gracias al regreso al banquillo de Félix Arnáiz Lucas que sustituyó a tiempo a un Blas Ziarreta enfrentado con la afición.
Cabe destacar en esta temporada la aparición del guardameta Manzanedo, nacido en Burgos y que años después sería internacional con la selección absoluta de fútbol de España. Las siguientes diez temporadas el equipo consigue consolidarse en la Segunda División llegando a ser uno de los clubes clásicos de la categoría de plata del fútbol español y asentando las bases de los que posteriormente serían los mejores años de la historia del club. El cambio de estadio supuso que se potenciaran las secciones deportivas ajenas al football que habían sido inauguradas durante el mandato de De Acha, siendo habitual que destacaran jugadores en varias disciplinas (como Andrés Tuduri, futuro Presidente de la Federación Española de Atletismo, quien en sus doce temporadas en el club desde 1916 alzó varios títulos tanto en football como en hockey). El 5 de septiembre, David Villa, delantero centro de la Selección española de fútbol además de hijo y sobrino de mineros asturianos envió dos camisetas autografiadas con mensajes de ánimo a los mineros. Tras cuatro temporadas consecutivas en Primera División, el club desciende en la temporada 1979/80. En estas dos últimas temporadas del equipo en la élite, caben destacar jugadores como el centro campista Miguel Ángel Portugal o el defensa Antonio García Navajas, quienes también ficharon posteriormente por el Real Madrid.
Para la temporada 1996/97 en Tercera División, se confía el banquillo al entrenador Martínez Lobato quien se encargaría de llevar al equipo hasta la Segunda División B en junio de 1997 en la localidad asturiana de Villaviciosa. Tras el descenso a Tercera División, el club estuvo a punto de descender a categorías regionales por impago a varios futbolistas. La temporada 2011/12 en Segunda División B fue nefasta para el club. Tras negociar con los jugadores impagados, el club consigue que retiren las denuncias y así poder competir en Tercera División. El primer club boliviano fue el Oruro Royal Foot Ball Club, fundado el 26 de mayo de 1896 por los trabajadores bolivianos encargados de los tendidos de los rieles de la compañía Bolivian Railway quienes aprendieron el fútbol de los técnicos ingleses. Juan Riu es sustituido por el prestigioso médico Tomás Rodríguez y produce un cambio de nombre del club, llamándose a partir de ahora Gimnástica de Burgos. Félix Arnáiz Lucas comienza la temporada en el banquillo manteniendo al equipo en la zona media pero a la directiva no le convence y es sustituido por el entrenador del filial por aquel entonces, Alberto González, que no consigue mejorar los resultados y acaba presentando la dimisión.
El equipo acaba subcampeón del grupo II y en el play off de ascenso elimina al Alcoyano en los penaltis en la primera eliminatoria pero no puede hacer lo mismo en la segunda y definitiva eliminatoria ante el filial Sevilla Atlético, quedando eliminado el cuadro burgalés con un gol en la prórroga (1-0 gol de Lolo) en un partido disputado en el estadio Sánchez Pizjuán. En la primera eliminatoria, el equipo es eliminado a manos del filial Levante «B». Tras rozar el esperpento en la primera vuelta del campeonato, Barroso es despedido y poco después le sigue el entrenador Julio Bañuelos. ↑ Noé Menéndez (13 de julio de 2023). La Nueva España, ed. ↑ Redacción, ed. (26 de enero de 2017). «Clásico vallecaucano en el arranque del Torneo de Ascenso». ↑ El Mundo. «»El CP Mérida desaparece, primer equipo extremeño en Primera»». La siguiente temporada, la 1972/73, el equipo realizó una mala temporada y acabó último, retornando a la Segunda División tras saborear las mieles de la Primera División durante únicamente dos temporadas. El resultado fue el evidente de la mala gestión tanto económica como deportiva llevada a cabo por la directiva y el equipo acaba descendiendo a la Tercera División quedando último del grupo II.